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En 1986, ya normalizados sus claustros, se reunió por primera vez la Asamblea Universitaria para elegir nuevas autoridades. La historia de la UNSL tuvo un nuevo giro cuando la Asamblea Universitaria reformó el estatuto universitario, modificando el tipo de elección de autoridades. Por primera vez, en el año 2001, se puso en funcionamiento el sistema directo para elegir rector, decanos, directores departamentales y otros cargos.

Actualmente la UNSL está conformada por cuatro Facultades:
- Facultad de Ciencias Humanas (FCH)
- Facultad de Ciencias Físico Matemáticas y Naturales (FCFMyN)
- Facultad de Ingeniería y Ciencias Económico Sociales (FICES)
- Facultad de Química, Bioquímica y Farmacia (FQByF)

Otras dependencias son: el Departamento de Enseñanza Técnico Instrumental (DETI), el Departamento de Enseñanza a Distancia y Abierta (DEDA), el Instituto Politécnico y Artístico Universitario “Mauricio Amílcar López” (IPAU), la Escuela Normal “Juan Pascual Pringles”, el Jardín Maternal, así como cinco Institutos Científicos de doble dependencia con el CONICET (tres de ellos de reciente creación): el Instituto de Matemáticas Aplicadas, el Instituto de Física Aplicada, el Instituto de Tecnología Química, el Instituto de Química de San Luis y el Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis.
La UNSL ofrece más de 50 carreras de Grado y Pre-grado (Licenciaturas, Ingenierías, Profesorados y Tecnicaturas). Oferta académica que se complementa con más de 30 desarrollos de Postgrado (Doctorados, Maestrías, Especializaciones y Trayectos Curriculares Sistemáticos). Más de 13.000 estudiantes participan de la vida institucional de la UNSL, oriundos principalmente de las provincias argentinas de San Luis, Mendoza, Córdoba, San Juan, La Pampa y Buenos Aires. Destacándose también la presencia de estudiantes de distintos países de la región.
En cuanto al desarrollo Científico y Tecnológico, la Universidad Nacional de San Luis da cuenta de una rica tradición dentro del sistema universitario argentino. Actualmente cerca de 1000 investigadores participan en más de 150 proyectos de investigación. La reconocida calificación de los referentes científicos que trabajan en los institutos, laboratorios y centros de estudios propios, le han permitido a la UNSL establecer vínculos de intercambio y cooperación internacional con decenas de instituciones universitarias diseminadas por todo el mundo.
La Sede San Luis posee un Campus Universitario con cuatro edificios principales, destinados a administración, docencia e investigación. Asimismo un complejo con: edificio histórico, Escuela Normal e Institutos de Tecnología Química. En la Ciudad de Villa Mercedes funciona la Facultad de Ingeniería y Ciencias Económico–Sociales. En el Campus Universitario se emplazan edificios destinados a la docencia y la investigación, sobre todo aplicados a la industria a través del Instituto Nacional de Tecnología Industrial. En el Centro Universitario de Merlo se desarrollan carreras relacionadas al Turismo y Hotelería y producción de hierbas aromáticas. Recientemente ha sido creado un nuevo Centro Universitario en la Ciudad de Tilisarao y se dictan carreras por convenios con Municipios de la Provincia de Mendoza.